政府根據國家《畜禽規模養殖污染防治條例》，出臺操作性強的地方性法規或規章，針對不同養殖規模、養殖種類以及新建、改擴建養殖場（戶）制訂糞便防治實施細則，使環保執法有法可依。第二，地方環保執法部門和行業管理部門加強對畜禽養殖場（戶）的宣傳指導，對造成環境污染拒不改正的養殖場（戶）及時查處，提高養殖戶參與的積極性和緊迫性。同時，部分地區可以按照養殖規模和排污量收取一定的環境污染治理費或排污費，將收取的部分環境污染治理費或排污費用于糞便集中收集處理體系的收集、轉運、處理等服務，及時公開費用支出明細，接受養殖場（戶）及周邊群眾監督。第三，組織實施畜禽養殖糞便集中收集處理體系基礎建設任務，包括：建設畜禽糞便集中處理中心、投建有機肥生產線、扶持每個指定的養殖場（戶）建設糞便存貯池和干糞堆積棚、建設種植基地糞便貯存利用設施等。第四，政府可以委托第三方（企業）經營管理畜禽糞便集中處理中心，政負責購買服務和監督考核。